肇俊哲的职业生涯中，还参加了两届全运会。回忆自己在职业球员阶段的全运会赛场，肇俊哲其实很有感触，他深情地表示，自己职业生涯的辉煌时刻虽然集中在2002年世界杯以及2004年亚洲杯的征战，但是对全运会却是另一种感情。“我1997年就参加了全运会，当时是以小打大，记得那是在上海举办的全运会。第二次就是2001年，当时我是以超龄身份参加的比赛，也就是在那一年我代表辽宁拿到了全运会足球项目的冠军。”